《扫毒风暴》剧情充满悬疑，存在诸多谜团。以下是对影片中一些主要谜团的解析：
- 云安娜被杀真相：表面上是毒枭杨立秉的报复，实则是其丈夫周少雄的夺权阴谋，而真正操盘手是云司令最信任的老部下莫康。莫康派心腹苗伦执行 “三步毒计”，先杀杨立秉儿子嫁祸云司令，再当街射杀云安娜并抢走项链，最后收买残废警察奈钦顶罪。周少雄上位后停掉云司令的海洛因生意，全力扶持卢少骅制冰毒，葬礼上还私下嘲讽岳父 “老糊涂好操控”。莫康则将带血的项链作为谋杀铁证送给云司令，云司令最终在卢少骅婚礼当天枪杀了周少雄。
- 卢少骅假死目的：卢少骅在云司令的帮助下伪造了自己的死亡，他这么做不仅是为了逃避警方的追捕，更是为了能在幕后继续利用自己的制毒技术优势，暗中进行毒品交易。假死对他来说，是一次物理和精神上的 “重生”，他需要在新环境中保持低调，避免暴露身份，同时继续在复杂的利益和政治环境中谋取利益。
- 林强峰停职原因：林强峰在全力追查 “暗网” 贩毒集团的关键节点被停职，原因是他身边存在内鬼。通讯专家陈宇利用系统权限，将关键布控信息、嫌疑人定位数据暗中篡改、删除甚至同步泄露给毒枭；卧底 “山鹰” 被毒枭收买，传回真假参半的情报，将林强峰的行动引入死局；林强峰的助手小杨利用职务之便，将其私下调查某些敏感人物的线索和推测传递给背后的保护伞；还有某位身处关键位置的高层，用看似合理的程序拖延关键行动审批，施压转移侦查方向，并授意内部调查将矛头引向林强峰。
- 张志勇的真实目的：影片中张志勇表面上是为了正义、为了打击毒贩而奋不顾身的警察，但他的一些行为却让人困惑，如对某些线索的刻意忽略，以及对某些人物的异常信任。关于他的真实目的，影片并未明确说明。有人猜测他或许是为了掩盖什么秘密，也有人认为他可能是被某个势力所利用，成为了他们手中的棋子，其真实目的仍是一个未解之谜。
- 幕后黑手究竟是谁：电影中出现了许多嫌疑人，每个人都有作案的动机和机会，“谁是幕后主使” 这一问题贯穿始终。影片中多次提及 “保护伞” 概念，或许指向的是某个位高权重的人物，这个人隐藏在暗处，利用手中的权力，操控着整个毒品交易网络，但电影并没有直接点明，给观众留下了无限的想象空间。
