《扫毒风暴》大结局中，正邪双方都有各自的命运走向，主要情节如下：
- 卢少骅被捕：卢少骅坏事做尽，曾先后害死侄子卢天赐、师傅邓健工、发小王辉等。他化名 “李木青” 逃到金港，继续制毒。林强峰从金州追到宛北再到金川，始终没有放弃追捕。最终，卢少骅在祭祖时被林强峰亲手抓获，后被法庭判处死刑，受到了法律的严惩。
- 林强峰立功：林强峰带领缉毒警历经艰难，成功摧毁毒贩网络。他十年如一日坚持追查卢少骅，带领整个二队获得二等功。同时，他与王奇终成眷属，收获了爱情。
- 马英子崛起：马英子原本是杨立秉的四太太，家破人亡后被周少雄安排监视卢少骅。她假意顺从，后来投入卢少骅怀抱。卢少骅被捕后，她接手了制毒技术和关系，成为宛北新的女金主，成为剧中最大的赢家。
- 其他人物结局：K 哥在警察和毒贩夹击下丧命；王奇曾帮警察拿到关键证据，后被毒贩追杀，在废弃音乐厅被杀死；吴燕萍是卢少骅的情人，她被卢少骅当作棋子，最后帮助警方递来关键情报；黎安为保护证据把 U 盘吞到肚子里，执行任务时为保护老百姓被子弹打中，虽无生命危险，但因忙于抓毒贩未能结婚。
